Winfried is misschien wel de grootste bewonderaar en de trouwste aanhanger van zijn vader, die geestelijk leider is van een gemeenschap die terug wil naar 'het zuivere christendom', zoals dat in zijn visie door Bonifatius werd gepredikt. Maar overal loert de duivel. Als de 'gezellen', zoals Winfrieds vader naar Bonifatius' voorbeeld zijn volgelingen aanduidt, zich vestigen in een omgebouwd kantoorgebouw, manifesteert hij zich onder meer in de gedaante van pater Walther, die er vanaf het begin op uit is het gezag van Winfrieds vader te ondermijnen. Als die voor een lange periode is uitgeschakeld door een burn-out, grijpt pater Walther zijn kans om de macht naar zich toe te trekken, waarbij hij geen middel schuwt om zijn doel te bereiken. Tot frustratie van Winfried, die de gemeenschap steeds meer ziet verloederen. Hij gaat de strijd aan, gesteund door zijn schoolvriend Berthold.
Maar Winfried wordt ook persoonlijk beproefd. Hij moet zich staande houden tegen steeds heftiger pesterijen op school, die altijd betrekking hebben op zijn geloof. En hij moet weerstand bieden aan de duivelse verleidingen, waaraan eerst Hester en later Amélie hem blootstellen.
Neanderthalers bestaan niet! is een roman over 'de zegeningen' van een fundamentalistische geloofsovertuiging.